- Căn cứ Nghị định số 04/1999/NĐ-CP ngày 30/1/1999 của Chính phủ về phí, lệ phí thuộc ngân sách Nhà nước;

- Căn cứ Quyết định số 136/1999/QĐ-BTC ngày 10/11/1999 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành biểu mức lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam
Sau khi thống nhất với Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ quản lý, sử dụng lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam như sau:

I. Những quy định chung:

1. Lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam là khoản thu của ngân sách Nhà nước nhằm mục đích bù đắp một phần chi phí cho các hoạt động quản lý Nhà nước và cấp phép về nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam.

2. Đơn vị tổ chức thu lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam được trích 30% số lệ phí thu được để chi cho các nội dung chi quy định tại Thông tư này. Số thu còn lại (70%) phải nộp vào ngân sách Nhà nước theo chương, loại, khoản, mục và tiểu mục của mục lục ngân sách Nhà nước hiện hành.

3. Việc sử dụng lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam hàng năm phải được lập dự toán và được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

II. Những quy định cụ thể:

1. Nội dung chi:

1.1. Chi thường xuyên đảm bảo cho các hoạt động cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ khác liên quan đến xuất cảnh, nhập cảnh và cư trú tại Việt Nam. Nội dung chi bao gồm:
- Chi mua hoặc in ấn, chuyên chở, hộ chiếu, thị thực và các loại mẫu biểu;

- Chi văn phòng phẩm.

- Chi trả tiền công, các khoản đóng góp cho lao động hợp đồng theo chế độ quy định.

- Chi bồi dưỡng làm đêm, làm thêm giờ cho công chức, viên chức cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ khác liên quan đến xuất cảnh, nhập cảnh và cư trú tại Việt Nam theo chế độ quy định.

- Chi phí sửa chữa công cụ, phương tiện thực hiện việc cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ khác liên quan đến xuất cảnh, nhập cảnh và cư trú tại Việt Nam.

- Các khoản chi khác liên quan đến công tác cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ khác liên quan đến xuất cảnh, nhập cảnh và cư trú tại Việt Nam.

1.2. Trích quỹ khen thưởng cho công chức, viên chức của đơn vị tổ chức thu lệ phí cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ khác liên quan đến xuất cảnh, nhập cảnh và cư trú tại Việt Nam. Mức trích quỹ khen thưởng bình quân một năm cho một người tối đa không quá 3 tháng lương thực hiện.

Số 30% lệ phí được trích để lại, sau khi đã trừ số thực chi theo nội dung quy định nêu trên, cuối năm nếu sử dụng không hết thì phải nộp toàn bộ phần còn lại vào ngân sách Nhà nước.

2. Lập và chấp hành dự toán thu, chi lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam
2.1. Hàng năm, căn cứ vào mức thu theo quy định của Bộ Tài chính ban hành biểu mức thu lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam và nội dung chi quy định tại Thông tư này và chế độ chi tiêu tài chính hiện hành, đơn vị tổ chức thu lệ phí lập dự toán thu, chi lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt nam chi tiết theo mục lục ngân sách Nhà nước báo cáo cơ quan chủ quản để tổng hợp gửi cơ quan tài chính phê duyệt.

2.2. Căn cứ vào dự toán thu , chi đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, đơn vị tổ chức thu phí, lệ phí lập dự toán thu, chi hàng quý chi tiết theo mục lục ngân sách Nhà nước hiện hành gửi cơ quan chủ quản, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch, cơ quan tài chính đồng cấp để làm căn cứ kiểm soát thu, chi.

2.3. Đơn vị tổ chức thu lệ phí nhập cảnh,xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam phải mở tài khoản thu phí, lệ phí tại Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch.

2.4. Đơn vị tổ chức thu lệ phí lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam có trách nhiệm kê khai, thu, nộp và quản lý tiền lệ phí theo đúng quy định hiện hành. Định kỳ hàng tháng, cơ quan tổ chức thu phải lập báo cáo tình hình thu và nộp ngay 70% số thực thu vào ngân sách Nhà nước.

3. Quyết toán thu, chi lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam
- Các đơn vị tổ chức thu lệ phí nhập cảnh,xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam có trách nhiệm mở sổ sách kế toán để ghi chép, hạch toán và quyết toán số thu, chi phí, lệ phí theo đúng quy định tại Quyết định số 999/TC/QĐ/CĐKT ngày 2/11/1996 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành hệ thống chế độ kế toán hành chính sự nghiệp.

- Cơ quan chủ quản có trách nhiệm kiểm tra xác nhận quyết toán thu, chi lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt nam của các đơn vị trực thuộc để quyết toán với cơ quan thuế và tổng hợp vào báo cáo quyết toán năm gửi cơ quan tài chính thẩm định và ra thông báo duyệt quyết toán cùng với quyết toán năm của cơ quan chủ quản.

- Cơ quan chủ quản có trách nhiệm phối hợp với cơ quan tài chính tổ chức kiểm tra định kỳ (hoặc đột xuất) các đơn vị tổ chức thu để đảm bảo thu, chi đúng chế độ quy định.

III. Điều khoản thi hành:

Các quy định tại Thông tư này được áp dụng kể từ ngày 1 tháng 1 năm 2000. Các quy định khác về sử dụng lệ phí nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam trái với Thông tư này đều bãi bỏ.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các cơ quan phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu giải quyết.